Институт интеграции знаний с 2020 года действует Программа грантов на исследование. Это предназначено для ученых постсоветского пространства, которые занимаются изучением мусульманских общин региона. Программа междисциплинарна и ориентирована на исследователей из разных академических областей, таких как историки, политологи, социологи, богословы, культурологи, экономисты и психологи. Он открыт как опытным исследователям с длинным послужным списком академической работы, так и молодым докторантам, работающим над диссертационными проектами Важнейшая цель Программы исследовательских грантов - содействие интеграции светских и исламских знаний в парадигму Международного института исламской мысли (США).

Программа грантов на исследование представляет ученым региона годовой грант в 2000 долларов, который может быть использован для покрытия расходов на архивные работы, полевые исследования, оборудование, необходимое для проведения исследований и т.д. Это хорошая возможность для авторов, работающих над книгами и желающих их опубликовать. Кроме получения небольшого гонорара, у них есть возможность опубликовать свои работы бесплатно. Кроме монографий, в проекте может стать и глава книги в коллективном томе и качественная научная статья.

Гранты присуждаются на конкурсной основе в течение года и приурочены к четырем срокам: 15 января, 15 марта, 15 июня и 15 сентября. Комитет по науке и исследованиям Института интеграции знаний, в состав которого входят ведущие исламские ученые региона, принимает решение о присуждении гранта.

В рамках исследовательских грантов на 2022–2023 годы также планируется опубликовать несколько книг по актуальным вопросам жизни мусульманских сообществ на постсоветском пространстве. Примерами являются книга о виртуальном исламе в регионе и крымскотатарской диаспоре в Румынии и Болгарии. Институт интеграции знаний также планирует опубликовать сборник научных статей, написанных стипендиатами Программы научно-исследовательских грантов.